Todos los personajes de tal juego están presentes, pero no se conocen entre sí. El personaje central en esta ocasión es Maya, que se vuelve una protagonista silenciosa parecida a Tatsuya en el juego anterior. Aunque este juego se sitúa unos meses después de su predecesor, se encuentra en un mundo paralelo donde los acontecimientos de Innocent Sin no ocurrieron.
